上海市神经科学学会成立于1986年，是在上海注册的具有法人资格的非营利性学术团体。上级主管单位是上海市科学技术协会。
学会由冯德培、张香桐、曹天钦、庄孝僡、梅镇彤、沈锷、王亚辉、张镜如、周绍慈、王伯杨、陈宜张、邹冈、龚岳亭共 13 位学者共同发起。本届学会理事会由 44 名理事组成，现任理事长为徐天乐教授。
学会性质：遵循辩证唯物主义，坚持实事求是的科学态度，认真贯彻“百花齐放，百家争鸣”的方针，充分发扬学术民主，开展学术上的自由讨论，团结上海广大神经科学工作者，为发展神经科学事业作出贡献。
学会宗旨：举办各种的神经科学学术活动，包括学术会议和各种专题讨论会、讲习班、培训班、技术咨询服务等；编辑出版神经科学的刊物和书籍；开展对会员的继续教育，向全社会普及神经科学知识，传播先进技术；开展神经科学领域的国际学术交流活动，跟踪世界神经科学发展动态，参与国际科技竞争；对国家有关科技政策和经济建设中的重大问题积极提出建议，发挥咨询作用。
学会功能：开展学术交流、促进科研创新、推动科学普及、提供科研等业务的咨询。
自1986年成立以来，上海市神经科学学会不断发展壮大，现有个人会员一千二百余人，团体会员（企业）七个。下设六个工作委员会、十三个专业分会，涵盖神经科学的基础与临床以及类脑人工智能领域。2023年，通过了民政部社会组织3A 等级评估；2026年，通过了上海市科协四星级学会等级评估。
学会坚持党建强会，全面贯彻党的路线方针，大力弘扬科学家精神。助力中国脑计划与上海市脑机接口行动方案的发布，承担中国科协、上海市科协多项路线图研究项目，积极开展决策咨询工作。连续21年每年举办地区性学术会议，始终坚持“学术至上”原则，要求学术报告中至少有三分之一内容为未发表的最新研究成果。积极融合基础研究、临床医学、工程技术及产业资源，大力促进产学研协同创新与转化，并在2014年与2016年先后推动成立了浙江省神经科学学会和江苏省神经科学学会，助力长三角神经科学领域形成合力。高度重视青年人才与女性科学家的培养与发展，专门成立了青年工作委员会和女科学家工作委员会，相应发起“长三角神经科学青年论坛”与“长三角神经科学女科学家分论坛”，人才培育长尾效应显著。积极拓展科普平台，与上海图书馆合作推出“追问大脑”系列科普讲座，创设“Women Talk”及“Sport&Brain”科普品牌活动，并于2023-2025年连续获得中国科协“科普优秀组织单位”“全国科普日优秀活动”等荣誉。
